Il cronista Michele da Piazza fa risalire al 1352 la nascita dell'Archivio di Catania, allora ubicato nella Loggia, antica sede del governo cittadino. L'esistenza di un archivario municipale sembra accertata in data anteriore al 1435, all'epoca del Vicerè Nicolo Speciale. L'incuria dei preposti, i privati interessi e l'ingerenza della autorità ecclesiastica produssero continue ed irrimediabili mutilazioni alle serie documentarie; le lacune più gravi si ebbero, però, a causa delle molteplici vicissitudini politiche e naturali che travagliarono Catania: il terremoto del 1169, il saccheggio operato dalle milizie di Enrico VI nel 1194, la guerra del Vespro del 1282, le guerre civili del sec. XIV, la rivolta del 1647 ed il terremoto del 1693.
L'opera di riforma amministrativa, operata nel Regno delle Due Sicilie tra il 1816 ed il 1818, (istituzione delle suddivisione amministrativa in Intendenze o "Valli" e previsione in capo ai Comuni delle funzioni per la tenuta dei registri di Stato Civile), condusse ad un incremento delle documentazione custodita dell'archivio cittadino, all'epoca, diviso tra la parte degli "Antichi Regimi" , antecedenti il 1818, e la parte corrente riguardante gli anni successivi.
Nel 1884, l'archivio fu sommariamente ed improvvisamente riordinato per materia tralasciando, però, di compilare o aggiornare gli strumenti di ricerca (indici, inventari e repertori).
Nel 1925, con il Regolamento per il servizio ed il funzionamento del protocollo generale e la tenuta dell'archivio comunale deliberato dal Commissario prefettizio, l'Amministrazione comunale si preoccupò di disciplinare compiutamente l'organizzazione dell'Archivio comunale stabilendone la separazione tra le sezioni corrente, di deposito e storica. Quest'ultima, secondo l'art. 2) doveva comprendere: "...gli atti ed i documenti che si riferiscono alle amministrazione degli Antichi giurati e del Senato di Catania dal 1412 al 1818. I ...volumi delle insinue, di donazione e soggiogazione dal 1512 al 1819, nonché, i volumi speciali dei vari servizi cittadini dei secc. XVI e XVIII,... il Liber Privilegiorum ed il "Liber Rubeus", ossia la Mastra Nobile della stessa; ...gli atti amministrativi del Decurionato e del Senato di Catania ...dal 1818 al 1860".
L'incendio del Palazzo Municipale - verificatisi il 14 dicembre 1944 durante un tumulto popolare a sfondo politico-separatista, innescato dalla violente dimostrazioni contro la chiamata al servizio di leva - oltre a ridurre in cenere preziosissimi cimeli (si pensi al museo del Risorgimento allora ospitato nel Palazzo) mutilarono crudelmente le serie documentarie dell'Archivio. Giuseppe Avila, documentò l'immane perdita basandosi sull'inventario, dallo stesso redatto tra il 1932 e il 1934, e di cui esiste a tutt'oggi l'originale
.Attraverso tale strumento, custodito anch'esso in Archivio, nonché attraverso ulteriori atti ricognitivi, condotti all'indomani del disastro, conosciamo gli atti andati perduti tra le quali ricordiamo:
- gli atti dei Giurati e della Curia del Senato (1413-1818);
- gli atti e i registri delle deliberazioni del Decurionato (1818-1860);
- i registri delle deliberazioni del Senato (1824-1860);
- i registri delle liberazioni dei casali (1618-1811);
- i volumi delle Opere pie (1819-1822);
- il registro delle lettere segrete (1798-1812);
- le insinue di donazioni (1512-1819);
- le insinue di soggiogazioni (1582-1819);
- registri di bandi pubblici (1636-1809);
- registri di fideiussioni delle gabelle (1630-1658);
- registri delle liberazioni delle gabelle (1560-1818);
- registri di Deputazione frumentaria (1591-1819);
- libri diversi contenente tra gli altri: i libri dei privilegi della città di Catania,
- il Libro Rosso (1572-1810) ossia "Mastra della Nobiltà di Catania" in cui venivano annotati i privilegi per le elezioni delle cariche pubbliche cittadine, e la giuliana del Maravigna (1413-1600);
- una collezione di volumi contenente argomenti vari (1172-1860);
- alcune lettere di Giuseppe Garibaldi;
- le pratiche della cessione degli Ex Monasteri,
- gli appalti per il tramway Cittadino.
Nell'incendio vennero distrutti anche lo stemma ed il gonfalone della Città.
Nel 1955, il Sindaco Luigi La Ferlita, istituì una Commissione per la ricostituzione dell'Archivio Storico composta da insigni studiosi che diedero impulso all'acquisizione presso archivi e biblioteche di tomi e documenti utili alla ricostruzione della storia locale. Centinaia di atti, conservati presso l'Archivio di Stato di Palermo, vennero individuati in vari fondi archivistici (Regia Cancelleria, Riveli del Tribunale del Real Patrimonio, Riveli della Regia Deputazione), estratti, microfilmati e regestati, mentre dall'editore Prampolini venne acquistata la Giuliana del Rizzari.
Ma, dopo questa spinta iniziale, l'interesse cominciò a scemare sino a scomparire quasi del tutto: l'Archivio da palazzo Tezzano fu prima trasferito in via Cifali, poi in via Etnea ed, infine, in un appartamento di via Caronda.
Nel 1995, con la delibera consiliare n. 11, riscattando decenni d'incuria, si decise di creare una sezione separata d'Archivio ai sensi delle norme allora vigenti (D.p.R 1409/1963) ove versare gli atti della amministrazione che avessero almeno quaranta anni dalla definizione dell'affare cui si riferiscono.
Nel 1998 all'atto del trasferimento nella nuova sede l'Archivio ha ricevuto ingenti versamenti dall'Archivio Generale allora ospitato nel Palazzo dei Chierici.